旗委机构编制委员会办公室负责贯彻落实党中央关于机构编制工作的方针政策和决策部署以及自治区党委、市委、旗委和旗委机构编制委员会工作要求，把坚持和加强党的全面领导落实到履行职责过程中，在办好完成习近平总书记交给内蒙古的五大任务和全方位建设模范自治区两件大事中发挥职能作用。
贯彻落实关于机构编制管理的政策规定和法律法规。拟订杭锦旗机构编制管理办法、制度、标准等，并组织实施。研究拟订杭锦旗机构改革方案。审核杭锦旗党政群机关职能配置、内设机构、人员编制规定及调整。配合推进行业管理体制改革。监督检查机构编制工作方针政策、法律法规和重要决策部署执行情况，查处机构编制违法行为。负责全旗事业单位登记管理工作、党政群机关统一社会信用代码赋码发证工作和机构编制信息化建设工作。负责全旗机构编制统计、实名制和网上名称管理等工作。完成旗委和旗委机构编制委员会交办的其他任务。